1996年以前，日本金融監管的行政部門是大藏省（後改名為財務省），只有信用組合是由所在都道府縣知事負責監管（跨區經營的信用組合由大藏大臣授權所在地財務局長承擔監管責任）。大藏省下設銀行局和證券局，保險業則由“銀
行局”屬下的“保險部”監管。

由於大藏省在處理泡沫經濟破滅後的銀行危機中屢次出現政策失誤，且日本社會各界普遍認為大藏省在金融監管方面的權力過度集中是問題的癥結，導致日本內閣於 1996 年 12 月 25 日通過“行政改革計劃”，決定將金融監管事務從大藏省剝離，成立直接隸屬總理府的“金融檢查監督廳”（暫用名），以建立符合市場規律的、透明公正的金融監管體系。 1998 年 6 月 22 日，日本國會通過《金融監督廳設置法》，金融監督廳作為金融監管專門機構正式成立。這次機構調整，將原屬大藏大臣的權限如金融機構檢查監督權、審批權、業務改善或停止命令權、金融機構關閉或合併決定權等權力，轉移至金融監督廳，且金融監督廳長官由總理大臣而非大藏省任命；大藏省僅保留了金融和證券交易制度設計職能，以及對金融監督廳管轄範圍外的政策性金融機構、證券市場等的監管職能。

1999 年 6 月，《中央政府改革法案》通過，設置金融廳成為該法案的重要內容。

1999 年 8月5日，日本國會提出了與金融再生計劃相關的 6 個法案。當年 12 月 15 日，根據《金融再生委員會設置法》，在金融監督廳之上成立了金融再生委員會。 2001 年 7 月 1 日，日本改組金融再生委員會的下屬機構金融監督廳，將其與大藏省金融企劃局合併，設立金融廳。原由大藏省擔負的金融制度規劃設計事務改由金融廳負責。次年1月，伴隨著中央政府機構的調整，金融再生委員會撤銷，金融廳成為內閣府的直屬機構，開始承擔設計、檢查、監督等全部與金融相關的製度職能。

管轄範圍

金融廳的管轄範圍包括：草擬金融制度規劃；針對銀行、證券公司、保險公司等民間機構和證券交易所等市場相關者進行檢查和監查；制定證券市場交易的法律、法規；企業會計基準的設立以及其他與企業財務相關的事項；針對註冊會計師、監查法人等的監督；通過參與國際機構運作，以及參加兩國或多國間的金融協議，來確立與國際相融合的金融行政體制。

此外，在處理部分特殊事務時，金融廳會與財務省或日本銀行（央行）合作。

一是在處置金融破產和金融危機相關事務時，金融廳與財務省共同負責。

二是在宏觀審慎監管方面，金融廳和央行既明確分工又加強協調，是日本宏觀審慎監管體系的重要特點。危機後這種協調進一步加強，主要體現在以下方面：一是法律層面明確要求二者均具有向對方提供協助的義務。 《日本銀行法》第4條規定，“為了與政府的經濟政策保持協調，日本銀行應經常與政府保持溝通，進行充分的意見交換”。該法第44條第3款進一步規定，“金融廳長官如果提出要求，日本銀行可將檢查結果文件提供給金融廳，或給金融廳工作人員閱覽”。金融廳在必要時也要向日本銀行提供有效信息。二是共同出席金融危機應對會議，參與國家應對金融危機的決策。三是經常聯名發布指導性文件。

日本《金融廳設置法》規定了金融廳的使命：一是維繫金融市場的穩定，確保金融協調；二是保護儲戶、保險合同簽約者、有價證券的投資者。

日本銀行作為中央銀行，其目標是：調節貨幣和金融，確保金融機構之間正常的資金結算，並以此維護信用秩序。

主要監管方式

第一，構築有助於國民經濟多樣化的、促進競爭且有活力的金融系統，並將其作為經濟活動的基礎。為保障和健全中小企業以及下一代新興產業，為其提供必要的資金支持，把謀求金融協調和有助於國民經濟發展作為目標。

第二，構築領先於時代的金融基礎設施。隨著金融技術和信息通信技術的快速發展，以金融、經濟國際化等為背景，金融機構開發出了多種跨業金融商品及服務，產生了大量超越國境的資金移動。為讓金融交易更加便利，金融廳構築了可與國際先進水平媲美的金融基礎設施。第三，從保護消費者的角度出發，完善金融規則並加以正確運用，使消費者在責任自負原則的前提下能安心交易。同時，加強針對消費者的教育，力求增進國民對金融商品、金融交易的理解和掌握。

第四，以遵循市場規律和責任自負原則為基礎，制訂明確的金融規則，並以透明、公正的金融監管作為金融廳的工作目標；同時，提高金融機構和市場的透明度，推動金融機構公司經營公開化。

第五，為適應並迅速、正確地應對金融業務不斷演變和信息通信技術迅猛發展所帶來的變化，由金融廳金融研究培訓中心進行前沿金融領域的研究，以及提高職員專業能力的培訓，提高其專業性和預見性，建立、健全金融行政體制。

第六，為有效應對金融的國際化，進一步加強了與國外金融監督當局的協作和信息交換，以建立更加適合國際化的金融監督規則，擴大日本金融體系的國際影響力。

此外，《日本銀行法》第44 條授權日本銀行與有業務往來的金融機構簽訂檢查合同，基於合同進行檢查。日本央行與金融廳對金融機構的現場檢查有所不同：一是在檢查目的和內容上，央行的檢查是基於最後貸款人地位調查金融機構的業務與資產質量，並據此提出建議；而金融廳的現場檢查是為保證金融機構業務正常開展，關注的是其合規與風險管理狀況。二是在可以採取的處理措施上，央行對金融機構沒有行政處罰權，但如果金融機構無正當理由拒絕調查或拒絕提供情況，央行可以公開這一情況，並可以解除與該金融機構的往來賬戶關係；而如果金融機構拒絕日本金融廳的檢查或拒絕提供信息，金融廳有權實施行政處罰。